Las líneas de investigación que dan sustento al Magíster en Ecología Marina son las siguientes:

Ecología de Organismos, Poblaciones y Comunidades Marinas: Estudio de los factores naturales y antrópicos, y sus interacciones, que determinan los patrones ecológicos en el ambiente marino costero, y sus implicancias para el manejo y conservación de estos ambientes.

Evolución y Ecología Molecular de Organismos Marinos: Estudio de los factores evolutivos, genéticos y de historia de vida que determinan la biodiversidad en los sistemas marinos costeros.